gromacs + plumed 编译安装教程

系统管理员 2022-05-16 12:11 693阅读 0赞

## 简介 ##

gromacs的基本编译安装教程请参考：[gromacs 编译安装教程][gromacs]。

本文介绍如何结合plumed安装gromacs。

## 编译plumed ##

PLUMED 是分子系统中自由能计算的开源库，与一些最流行的分子动力学引擎一起工作。 可以使用诸如元动力学，伞形采样和基于 Jarzynski 方程的转向 MD 之类的现有技术来执行自由能计算作为许多次序参数的函数，特别关注生物学问题。

官网地址：[传送门][Link 1]。

编译安装方法如下：

### 配置编译环境 ###

# 设置编译c/c++的环境
    source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64
    # 设置mpi编译环境 
    export PATH=/usr/local/mpi-intel2013/bin:$PATH 
    export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi-intel2013/lib:$LD_LIBRARY_PATH

### 编译plumed ###

tar -zxvf plumed2-2.3.0-tar.gz
    cd plumed2-2.3.0
    time CC=icc FC=ifort ./configure \
    --prefix=$HOME/software/plumed2/2.3.0-icc13-mpich3 \
    2>&1 | tee c.log
    # real 3m18.979s
    time make -j 12 2>&1 | tee m.log
    # real 17m9.607s
    time make install 2>&1| tee mi.log

### 设置运行环境 ###

export PLUMED2_HOME=$HOME/software/plumed2/2.3.0-icc13-mpich3
    export PATH=$PLUMED2_HOME/bin:$PATH
    export LD_LIBRARY_PATH=$PLUMED2_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

## 编译gromacs ##

### 解压缩 ###

tar -zxvf gromacs-5.1.4.tar.gz
    cd gromacs-5.1.4

### 为gromacs打plumed的patch补丁 ###

输入：

plumed patch -p

然后依据gromacs的版本选择编号，gromacs-5.1.4选择5）即可

PLUMED patching tool
    
    1) amber14      4) gromacs-5.0.7    7) namd-2.8
    2) gromacs-2016.1   5) gromacs-5.1.4    8) namd-2.9
    3) gromacs-4.5.7    6) lammps-6Apr13    9) qespresso-5.0.2
    
    Choose the best matching code/version:5
    MD engine: gromacs-5.1.4
    PLUMED location: $HOME/software/plumed2/2.3.0-icc13-mpich3.0.4/lib/plumed
    
    ...
    
    patching file ./src/programs/mdrun/mdrun.cpp
    patching file ./src/programs/mdrun/repl_ex.cpp
    patching file ./src/programs/mdrun/repl_ex.h
    patching file ./src/programs/mdrun/runner.cpp
    
    PLUMED is compiled with MPI support so you can configure gromacs-5.1.4 with MPI

### 编译gromacs ###

mkdir build
    cd build
    cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/software/gromacs-5.1.4-plumed2-2.3.0-icc13-mpich3.0.4 \
      -DCMAKE_C_COMPILER=icc -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc \
      -DGMX_DOUBLE=off \
      -DGMX_OPENMP=ON \
      -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
      -DFFTWF_LIBRARY="$HOME/fftw/lib/libfftw3f.a" \
      -DFFTWF_INCLUDE_DIR="$HOME/fftw/include/"  \
      -DGMX_MPI=on \
      -DGMX_GPU=off \
      2>&1 | tee cm.log
    make -j12 2>&1 | tee m.log
    make install 2>&1 | tee mi.log

<table> 
 <thead> 
  <tr> 
   <th>参数</th> 
   <th>含义</th> 
  </tr> 
 </thead> 
 <tbody> 
  <tr> 
   <td>-DCMAKE_INSTALL_PREFIX</td> 
   <td>安装目录</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DCMAKE_C_COMPILER=icc</td> 
   <td>使用 icc 编译 c</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc</td> 
   <td>使用 icpc 编译 cpp</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DGMX_DOUBLE=off</td> 
   <td>关闭double，编译单精度版本</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DGMX_OPENMP=ON</td> 
   <td>开启openmp的支持</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3</td> 
   <td>使用 fftw3</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DFFTWF_LIBRARY=”$HOME/fftw/lib/libfftw3f.a”</td> 
   <td>fftw库,请改为自己的</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DFFTWF_INCLUDE_DIR=”$HOME/fftw334/include/”</td> 
   <td>fftw的头文件目录,请改为自己的</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DGMX_MPI=on</td> 
   <td>开启 MPI 支持</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-DGMX_GPU=off</td> 
   <td>关闭 GPU 支持</td> 
  </tr> 
 </tbody> 
</table>

我的个人网站：[传送门][Link 2]

[gromacs]: http://mrzhenggang.com/gromacs-compiler-installation-tutorial/
[Link 1]: http://www.plumed.org/
[Link 2]: http://mrzhenggang.com