ANGSD 编译安装教程

灰太狼 2022-05-16 12:09 267阅读 0赞

## 简介 ##

ANGSD: Analysis of next generation Sequencing Data 下一代测序数据的分析

ANGSD是一种用于分析下一代测序数据的软件。 该软件可以处理从映射读数到推算基因型概率的许多不同输入类型。 大多数方法都考虑了基因型不确定性，而不是基于被称为基因型的分析。 这对于低深度和中深度数据尤其有用。 该软件是用C++编写的，并且已经用于大样本量。

官网：[http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD][http_www.popgen.dk_angsd_index.php_ANGSD]

下载：[https://codeload.github.com/ANGSD/angsd/tar.gz/0.921][https_codeload.github.com_ANGSD_angsd_tar.gz_0.921]

## 安装CURL ##

cURL包中包含一个实用程序和一个库，用于将具有URL语法的文件传输到以下任何协议：FTP，FTPS，HTTP，HTTPS，SCP，SFTP，TFTP，TELNET，DICT，LDAP，LDAPS和FILE。 它可以将下载和上传文件的功能合并到其他程序中，以支持流媒体等功能。

官网：[https://curl.haxx.se][https_curl.haxx.se]

下载：[https://curl.haxx.se/download/curl-7.35.0.tar.bz2][https_curl.haxx.se_download_curl-7.35.0.tar.bz2]

tar zxvf curl-7.60.0.tar.gz 
    cd curl-7.60.0
    time ./configure CC=gcc \
    --prefix=$HOME/software/nscc/curl-7.60.0 2>&1 | tee c.lo make
    make install

## 安装XZ ##

XZ Utils是一款免费的通用数据压缩软件，具有高压缩比。 XZ Utils是为类似POSIX的系统编写的，但也适用于一些不那么POSIX系统。 XZ Utils是LZMA Utils的继承者。

官网：[https://tukaani.org/xz/][https_tukaani.org_xz]

下载：[https://sourceforge.net/projects/lzmautils/files/xz-5.2.4.tar.gz/download][https_sourceforge.net_projects_lzmautils_files_xz-5.2.4.tar.gz_download]

tar zxvf xz-5.2.4.tar.gz
    cd xz-5.2.4
    ./configure CC=gcc \
    --prefix=$HOME/software/xz-5.2.4 \ 2>&1 | tee c.log
    make
    make install

## 安装htslib ##

HTSlib — A C library for reading/writing high-throughput sequencing data.

官网：[http://www.htslib.org/][http_www.htslib.org]

下载：[https://github.com/samtools/htslib/archive/1.8.tar.gz][https_github.com_samtools_htslib_archive_1.8.tar.gz]

tar zxvf htslib-1.8.tar.gz
    cd htslib-1.8
    time ./configure CC=gcc \
    CFLAGS="-I$HOME/software/xz-5.2.4/include \
    -I$HOME/software/curl-7.60.0/include" \ LDFLAGS="-L$HOME/software/xz-5.2.4/lib \
    -L$HOME/software/curl-7.60.0/lib" \ --prefix=$HOME/software/htslib-1.8 \ --enable-libcurl \ 2>&1 | tee c.log
    make
    make install

## 安装angds ##

tar zxvf angsd-0.921.tar.gz
    # 修改Makefile文件，设置安装路径
    sed -i "s%prefix = /usr/local%prefix = \${PREFIX}%" Makefile 
    export CC=gcc CXX=g++
    time make PREFIX=$HOME/software/angsd-0.921 \
    HTSSRC=$HOME/software/nscc/packages/htslib-1.8 \
    LDFLAGS="-L$HOME/software/xz-5.2.4/lib \ -L$HOME/software/curl-7.60.0/lib" \
    install 
    2>&1 |tee  m.log

备注：设置HTSSRC变量，并没有给出安装后的路径，而是源码路径。是为了找到头文件和库的位置，如果给出安装后的路径，就需要修改Makefile中的HTS\_INCDIR和HTS\_LIBDID.

设置运行环境

export INSTALL_DIR=$HOME/software
    export CURL_DIR=$INSTALL_DIR/curl-7.60.0
    export XZ_DIR=$INSTALL_DIR/xz-5.2.4
    export HTSLIB_DIR=$INSTALL_DIR/htslib-1.8
    export ANGSD_DIR=$INSTALL_DIR/angsd-0.921
    export PATH=$CURL_DIR/bin:$XZ_DIR/bin:$HTSLIB_DIR/bin:$PATH
    export PATH=$ANGSD_DIR/bin:$PATH
    export LD_LIBRARY_PATH=$CURL_DIR/lib:$XZ_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
    export LD_LIBRRAY_PATH=$HTSLIB_DIR/lib:$ANGSD_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH

我的个人网站：[传送门][Link 1]

[http_www.popgen.dk_angsd_index.php_ANGSD]: http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD
[https_codeload.github.com_ANGSD_angsd_tar.gz_0.921]: https://codeload.github.com/ANGSD/angsd/tar.gz/0.921
[https_curl.haxx.se]: https://curl.haxx.se
[https_curl.haxx.se_download_curl-7.35.0.tar.bz2]: https://curl.haxx.se/download/curl-7.35.0.tar.bz2
[https_tukaani.org_xz]: https://tukaani.org/xz/
[https_sourceforge.net_projects_lzmautils_files_xz-5.2.4.tar.gz_download]: https://sourceforge.net/projects/lzmautils/files/xz-5.2.4.tar.gz/download
[http_www.htslib.org]: http://www.htslib.org/
[https_github.com_samtools_htslib_archive_1.8.tar.gz]: https://github.com/samtools/htslib/archive/1.8.tar.gz
[Link 1]: http://mrzhenggang.com