C++实现bam文件读写参考资料

淡淡的烟草味﹌ 2024-03-26 12:03 57阅读 0赞

为啥要自己实现这个？因为samtools这种工具读写bam文件太慢了。

[https://github.com/ekg/hapviz/blob/master/BGZF.cpp][https_github.com_ekg_hapviz_blob_master_BGZF.cpp]

[https://github.com/NVlabs/nvbio-gpl/blob/master/contrib/bamtools/BGZF.h][https_github.com_NVlabs_nvbio-gpl_blob_master_contrib_bamtools_BGZF.h]

[NVBIO: E:/git/nvbio/contrib/bamtools/BGZF.h Source File][NVBIO_ E_git_nvbio_contrib_bamtools_BGZF.h Source File]

[https://github.com/samtools/tabix.git(已丢弃）][https_github.com_samtools_tabix.git]

[GitHub - samtools/htslib: C library for high-throughput sequencing data formats][GitHub - samtools_htslib_ C library for high-throughput sequencing data formats]

和bam压缩方式有所不同：

[https://github.com/arq5x/grabix][https_github.com_arq5x_grabix]

[https_github.com_ekg_hapviz_blob_master_BGZF.cpp]: https://github.com/ekg/hapviz/blob/master/BGZF.cpp
[https_github.com_NVlabs_nvbio-gpl_blob_master_contrib_bamtools_BGZF.h]: https://github.com/NVlabs/nvbio-gpl/blob/master/contrib/bamtools/BGZF.h
[NVBIO_ E_git_nvbio_contrib_bamtools_BGZF.h Source File]: https://nvlabs.github.io/nvbio/bamtools_2_b_g_z_f_8h_source.html
[https_github.com_samtools_tabix.git]: https://github.com/samtools/tabix.git
[GitHub - samtools_htslib_ C library for high-throughput sequencing data formats]: https://github.com/samtools/htslib
[https_github.com_arq5x_grabix]: https://github.com/arq5x/grabix

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