基于Python实现的蛋白质二级结构预测

阳光穿透心脏的1/2处 2024-03-22 17:30 46阅读 0赞

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## graduation ##

蛋白质二级结构预测

使用的训练及测试数据 test.npy,train.npy来自JPred4  
地址：http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/about\_RETR\_JNetv231\_details.shtml  
在这里直接给出，是为了方便使用，如有侵犯，会立刻删除。  
水平所限，目前只是做了很简单的搭建神经网络和训练过程，不涉及更深入的内容。

## 使用教程 ##

#### window操作系统 ####

git clone https://github.com/cedar997/graduation.git
    cd graduation
    
    # 使用清华pip镜像，下载更快
    pip3 config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple  
    
    # 安装运行所需的扩展包
    pip install -r requirements.txt

#### linux、unix操作系统 ####

sudo apt install git  
    git clone https://github.com/cedar997/graduation.git   
    cd graduation
    # 安装pip3，以便安装python包
    sudo apt install python3-pip  
    # 使用清华pip镜像，下载更快
    pip3 config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple  
    # 安装运行所需的扩展包
    pip3 install -r requirements.txt

*  notes: 如果你的机器有nvidia显卡，并支持cuda,则可以大大加快训练的速度  
    具体安装步骤请参考 https://tensorflow.google.cn/install  
    这里只给出cpu版本的环境搭建方法

## 开始探索！！！ ##

### 第一步 ###

> python3 main.py

如果需要修改运行效果，请查看main.py

#### 开始训练 ####

默认使用cnn,能获得较快的训练速度。  
![在这里插入图片描述][e845ae4fe7a04a07ad47639f9a240bc4.png_pic_center]

#### 训练结果 ####

![在这里插入图片描述][f81c06c391ac43278654dec1f3e86e7f.png_pic_center]

### 第二步 ###

使用网页进行管理，可以选择多个模型

> python3 app.py

用浏览器打开 http://localhost:5000/ 效果如下图所示  
![在这里插入图片描述][8d3d6b97a67b4a76af02a0ebf09f1d2d.png_pic_center]

### 文件说明 ###

*  train.npy为训练集，test.npy为测试集
 *  main.py为主程序，运行它，就能得到我预设的效果，修改它就可以得到更多的功能
 *  mytools.py 为我写的工具箱，方便程序编写
 *  saved\_model.h5 保存训练后的模型，方便多次训练
 *  a.yaml 保存了训练中 误差率 loss和准确率q3 随训练代数epoch的变化
 *  1.mp3 为训练完成的通知铃声

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[8d3d6b97a67b4a76af02a0ebf09f1d2d.png_pic_center]: https://image.dandelioncloud.cn/pgy_files/images/2024/03/18/ac4807e37f974e17a0323e1052bbfb1b.png