LSF提交作业命令--bsub

超、凢脫俗 2022-09-04 14:59 523阅读 0赞

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[LSF介绍][LSF]

VNC (Virtual Network Computing)是虚拟网络计算机的缩写。VNC 是一款优秀的远程控制工具软件，由著名的 AT&T 的欧洲研究实验室开发的。VNC 是在基于 UNIX 和 Linux操作系统的免费的开源软件，远程控制能力强大，高效实用，其性能可以和 Windows 或 MAC 中的任何远程控制软件媲美。在Linux 中，VNC 包括以下四个命令：vncserver，vncviewer，vncpasswd，和 vncconnect。

**大多数情况下只需要其中的两个命令：vncserver 和 vncviewer。**

1、启动VNC服务 使用vncserver命令启动VNC服务，命令格式为“vncserver :桌面号”，其中“桌面号”用“数字”的方式表示，每个用户连个需要占用1个桌面。

2、VNC服务使用的端口号与桌面号的关系 VNC服务使用的端口号与桌面号相关，VNC使用TCP端口从5900开始，对应关系如下：  
桌面号为“1” ---- 端口号为5901  
桌面号为“2” ---- 端口号为5902  
桌面号为“3” ---- 端口号为5903

3、登录VNC 第一种方法是使用VNC Viewer软件登陆测试，启动VNC Viewer软件 ， Server输入“IP:1”，输入密码即可登录。

## **lsf使用bsub提交作业**： ##

1)后台批处理模式： bsub -R “rusage\[mem=40960\]” ./myscript  
2)后台批处理图形回显模式： bsub -R “rusage\[mem=40960\]”-XF ./myscript  
3)命令行交互模式： bsub -R “rusage\[mem=40960\]”-Is ./myscript  
4)图形交互模式： bsub -R “rusage\[mem=40960\]”-Is -XF ./myscript

bjobs：查看自己提交作业的概要信息。  
bjobs -l ：查看单个作业的详细信息。  
bhist -a：查看已运行完毕的作业信息。  
bkill -s ：杀死提交的作业。

## **bsub 命令常见用法如下：** ##

bsub –n z –q QUEUENAME –i inputfile –o outputfile COMMAND

其中z代表了提交作业需要的cpu数，–q指定作业提交到的队列，如果不采用–q选项，系统把作业提交到默认作业队列。  
inputfile 代表程序需要读入的文件名（例如 namelist等），outputfile 代表一个文件，作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。COMMAND是用户要运行的程序。  
（1）对于串行程序COMMAND可以直接使用用户的程序名  
例如，对一个串行作业mytest， 提交方式为：

bsub –n 1 –q debug –o mytest.out ./mytest

（2） 对于并行作业COMMAND为“mpirun.lsf 程序名”  
例如对于一个72个小时内完成，使用16个cpu的并行作业mytest，提交方式为：

bsub –n 16 –q normal –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest

bsub 命令可以使用输入脚本提交具有相同参数的作业，格式为：  
该脚本的参数与命令行"bsub –n Z –q QUEUENAME –o outputfile COMMAND”参数相同。  
提交时为 bsub < 脚本名  
例如要提交一个72小时内完成，需要16个cpu的并行作业mytest，可以编写作业脚本 bsub.scriptfile

#BSUB –n 16 
    #BSUB –q normal 
    #BSUB –o mytest.out 
    mpirun.lsf ./mytest

作业提交方法为：

bsub < bsub.scriptfile

## **bsub，提交给lsf作业的命令** ##

命令格式  
bsub \[options\] command \[argument\]  
bsub -pack job\_submission\_file

-q    选择队列
    -i     指定输入文件  
    -I      交互模式，此时终端不能输入
    -o     指定输出文件，作业提交后标准输出的信息会保存到这个文件中。
    -e     指定输出文件，作业提交后标准错误输出的信息会保存到这个文件中。
    -n     指定作业需要的CPU核
    -J     作业的名字
    -w  ‘dependecy_expression’  , 提交作业前，指定操作。
    
     操作有： done  
            ended， 如 –e “ended(aaaa*)” ， 表示作业名中有aaaa的作业，完成之后才可以提交作业
            exit
    
    -W    限定作业运行时间
    -K     提交作业，并且等待作业完成。当提交作业后，终端打印“waiting for dispath”。
           当作业完成后，终端打印“job is finished”。作业没有完成，不能提交新的作业。
    %J，可表示作业号

## **LSF(load sharing facility)** ##

分布资源管理的工具，用来调度、监视、分析联网计算机的负载。  
**目的：**  
通过集中监控和调用，充分共享计算机的CPU、内存、磁盘、license等资源  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L2xpbWFuamloZQ_size_16_color_FFFFFF_t_70]

一组安装了LSF软件的计算机组成了一个cluster。cluster内的资源统一监控和调度。

[https_blog.csdn.net_l471094842_article_details_94039624]: https://blog.csdn.net/l471094842/article/details/94039624
[LSF]: https://wenku.baidu.com/view/a9f9e70416fc700abb68fccf.html
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