R 语言--接收命令行参数

川长思鸟来 2022-05-28 05:23 339阅读 0赞

1 、commandArgs(),是R自带的参数传递函数，属于位置参数。

args=commandArgs(T)
    print (args[1])
    print (args[2])
    print(args[3])
    print(args[4])

![70][]

运行

Rscript test.R 1 3

![70 1][]

Rscript test.R 1 3 4 5

![70 2][]

测试2

Args <- commandArgs()
    cat("Args[1]=",Args[1],"\n")
    cat("Args[2]=",Args[1],"\n")
    cat("Args[3]=",Args[3],"\n")
    cat("Args[4]=",Args[4],"\n")
    cat("Args[5]=",Args[5],"\n")
    cat("Args[6]=",Args[6],"\n")
    cat("Args[7]=",Args[7],"\n")

![70 3][]

补充说明：

在unix、windows外部需要调用R脚本执行，然后又需要输入不同的参数，类似shell脚本的命令行参数输入，可以使用Rcript命令实现。  
命令格式：Rscript \[options\] \[-e expression\] file \[args\]  
file表示需要执行的脚本，\[options\] \[-e expression\] 可以有也可以不用。  
\[args\]是参数列表。  
  
首先需要在file文件中的第一行加入：  
  
Args <- commandArgs()  
然后按照以下格式执行  
  
Rscript \*.R 参数1 参数2 ...  
在file脚本中，可以引用参数Args，  
Args\[1\]= "/usr/local/lib64/R/bin/exec/R"  
Args\[2\]= "--slave"  
Args\[3\]= "--no-restore"  
Args\[4\]="--file=a.r"  
Args\[5\]="--args"  
Args\[6\]==参数1  
Args\[7\]==参数2

可见输入的参数从第六个和第七个开始。

2、getopt()函数

是getopt包的函数，需要先安装getopt包

install.packages("getopt")

getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE),command = get\_Rscript\_filename(), usage = FALSE,debug = FALSE)

spec：一个4-5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列可选。

第一列：参数的longname，多个字符。

第二列：参数的shortname，一个字符。

第三列：参数是必须的，还是可选的，数字：0代表不接参数 ；1代表必须有参数；2代表参数可选。

第四列：参数的类型。logical；integer；double；complex；character；numeric

第五列：注释信息，可选。

usage：默认为FALSE,这时参数无实际意义，而是以用法的形式输出。

library('getopt')
    spec = matrix(c(
      'verbose', 'v', 2, "integer",
      'help'   , 'h', 0, "logical",
      'count'  , 'c', 1, "integer",
      'mean'   , 'm', 1, "double",
    ), byrow=TRUE, ncol=4)
    opt = getopt(spec)
    print(opt$count)
    print(opt$mean)

制作脚本帮助

`command=matrix(c(` `"bam"` `,` `"b"` `,1,` `"character"` `,`

`` `"bed"` `,` `"d"` `,1,` `"character"` `,`

`` `"png"` `,` `"p"` `,1,` `"character"` `,`

`` `"help"` `,` `"h"` `,0,` `"logical"` `),byrow=T,ncol=4)`

`args=getopt(command)`

`if` `(!` `is` `.` `null` `(args$help) ||` `is` `.` `null` `(args$bam) ||` `is` `.` `null` `(args$png) ||` `is` `.` `null` `(args$bed)) {`

`` `cat(paste(getopt(command, usage = T),` `"\n"` `))`

`` `q()`

`}`

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[70 1]: /images/20220528/4a5e444f450d43d9aa4ce955d6f7b619.png
[70 2]: /images/20220528/041cef52d6194890a77c4385a8fbe4e3.png
[70 3]: /images/20220528/7318a998e86043cfbfd7a9b94cbd8a62.png