slurm作业管理：一次提交运行多个任务

短命女 2022-05-16 13:55 1167阅读 0赞

针对抢占式的作业调度系统，如果分配节点时候是独占节点，那么每次申请的资源最少就是1个节点。如何实现一次提交作业，计算多个任务呢？（包括串行、openmp或mpi的任务）。最简单的方式就是按照自己的需求写一个运行脚本，然后通过作业管理系统提交即可。下面给出一个具体的例子加以说明，先给出实例，然后给出详细解释：

#!/bin/bash 
    cd ~/helloworld
    yhrun -N1 -n1 ./helloworld &
    
    cd ~/gaussian
    export OMP_NUM_THREADS=2 
    yhrun -N1 -n1 ./g09
    
    cd ~/vasp
    yhrun -N1 -n3 ./vasp &
    
    cd ~/lmp
    export OMP_NUM_THREADS=3
    yhrun -N1 -n2 ./lmp < in.lj & 
    
    wait

详细解释如下：

#!/bin/bash
    # 这是一个bash的脚本
    # 脚本里面写什么，就会执行什么
    # 我将会申请1个有12cpu核的计算节点，具体如何分配这些核做计算，我自己说了算
    
    # 先用1个核运行一个helloworld吧
    cd ~/helloworld # 进入到helloworld所在目录
    yhrun -N1 -n1 ./helloworld &
    
    # yhrun 是天河系列的集群的"mpirun"
    # -N1表示1个节点
    # -n1表示一个核
    # helloworld 是 可执行程序的名字
    # & 表示放到后台执行（计算节点的后台），如果不写的话，脚本就会卡在这一行，
    # 直到执行完这一行，才会往下执行。而我们希望同时执行多个任务，所以放到后台
    
    
    # 再用2个核，运行一个openmp的程序吧
    cd ~/gaussian
    export OMP_NUM_THREADS=2 
    yhrun -N1 -n1 ./g09 &
    
    # OMP_NUM_THREADS=2 表示用OMP线程数=2
    # ./g09 是一个openmp程序的名字（举例）
    
    
    # 再用3个核，运行一个mpi的程序吧
    cd ~/vasp
    yhrun -N1 -n3 ./vasp &
    
    # -n3 启用3个mpi进程，运行mpi任务
    
    # 最后用6个核，运行一个mpi+openmp的程序吧
    cd ~/lmp
    export OMP_NUM_THREADS=3
    yhrun -N1 -n2 ./lmp < in.lj & 
    
    # 设置n=2，omp=3 开启2个mpi进程，每个mpi进程开启3个omp线程
    # ./lmp 是mpi+openmp的程序名
    # < in.lj 给定输入文件
    
    # 末尾增加
    wait
    
    # 增加wait，让脚本等待以上后台任务运行结束后再停止
    # 不添加的话，脚本运行到末尾就结束了，作业也就结束了。

当然，其实还有一种更为“精确”的控制每个进程运行哪个任务的高阶写法，但对于普通用户，一般没这个需求，故不在此介绍了。如确实有这个需求的欢迎留言。

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