MD笔记

怼烎@ 2021-11-02 00:42 425阅读 0赞

1.力场中的例子电荷是有效电荷（clayff），有别于化学式中的电荷。

2.游离状态的阳离子（如层间阳离子）的电荷不能变动；而Al-O八面体、Si-O四面体中的离子（Al、Si等）电荷可以微调。

3.minimize是在绝对0度、动能为0的条件下进行结构优化（分子静力学），只对从数据库中得来的模型进行minimize，加水后的模型不需要优化。

先对最小超晶胞（如Na-mmt的超小晶胞为4a\*b\*c）进行minimize，然后再进行下一步建模（如加水分子或者继续supercell），最后在进行优化并计算。

优化：

nve：保持能量不变；

nvt：提到常温来优化（298或者300k）；

npt：提到常压来优化（1个标准大气压）。

4.警告可以忽略，错误需要修改？

（待确认，如模型总电荷也显示warning，但minimize时，总势能会很大（正值1e+16））

如：以下的warning能忽略吗？因为在minimize和优化的过程当中都会出现这个警告，这个是data文件的问题（之前请教过一个老师）。

![1595643-20190620143628510-2120311466.png][]

5.元胞盒子大小从数据库中得到的a、b及3个方向的角度不需要修改，根据自己需要来改c（层间距）。

6.能量最小化minimize如何判断最小化已经成功？

（1）log文件上的minimize的收敛情况；

![1595643-20190620143535642-374788831.png][]

（2）结构是否稳定（VMD中查看），目前的问题是minimize后原子会跑出盒子外边去？

![1595643-20190620155312064-1479927815.png][]

7.优化过程中，timestep、run总步数，这个没有很严格的规定，看能量收敛和结构稳定与否来判断即可。

8.MS——data——lammps中minimize后所得的data——VMD——pdb——MS（主要是坐标信息）——建模（加水或者supercell）。。。

问题1：转换过程中只有坐标信息，没有盒子和键、角信息，不能够识别各个原子类型等？？

问题2：pdb导入MS后，由于不能识别，故无法继续建模？

（1）lammps所得的data

![1595643-20190620155316800-919078570.png][] ![1595643-20190620155922316-1706589549.png][]

（2）VMD生成的pdb

![1595643-20190620155619211-1495167065.png][]

（3）MS（主要是坐标信息）

![1595643-20190620160602217-818948168.png][]

9.模型的总电荷一定要为0，影响很大。

10.Al-oh-ho这里的oh-ho指的是体系中的结合水，层间水是自由水。

11.NPT中的P指的是静水压力，随着P增大（深度加大），c层间距减小；

12.timestep：从1.0fs——0.5fs——0.1fs；

13.原子丢失的原因（lost atoms：.......），Temp、Epair等增大

（1）timestep有可能太大了，导致数值失稳，改小一点；

（2）输入的结构不好

14.计算中Dangerous builds不等于0：

（1）说明粒子在跑的时候“Rcut skin ”的范围内已经跑出去了，或者外边的粒子跑进来了，因此，neighbor list要建得频繁一点才可以；

（2）但是不影响数据收集；

（3）如果是小概率事件没有关系，比如，neighbor list运行1万次，而Dangerous只有几十或更小；

（4）措施：

a、把时间步长timestep调小（推荐做法）；

b、把skin变大（不推荐，会影响计算效率）。

转载于:https://www.cnblogs.com/sysu/p/11054937.html

[1595643-20190620143628510-2120311466.png]: /images/20211101/1835ca7d02ff42b495ba52720878538f.png
[1595643-20190620143535642-374788831.png]: /images/20211101/1fb90c7fda0248d487009c6d5ebc6ed6.png
[1595643-20190620155312064-1479927815.png]: /images/20211101/bdba9601c6354649a7cfaaf3ab345f25.png
[1595643-20190620155316800-919078570.png]: https://img2018.cnblogs.com/blog/1595643/201906/1595643-20190620155316800-919078570.png
[1595643-20190620155922316-1706589549.png]: /images/20211101/360216b600da4d0bb8fdc3f578abccf0.png
[1595643-20190620155619211-1495167065.png]: /images/20211101/68d6556de6d54bbda475f226274e43e1.png
[1595643-20190620160602217-818948168.png]: /images/20211101/856fa595d51a49968a0b7433e34dc496.png