BLAST+-2.6.0版本下载安装及pssm矩阵建立

小灰灰 2021-09-30 07:50 846阅读 0赞

**1** **安装软件**

分为：

①基于linux操作系统②基于os操作系统③基于windows操作系统

这里主要介绍基于windows的操作的blast安装

1.1 下载地址：[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/][ftp_ftp.ncbi.nlm.nih.gov_blast_executables_blast_LATEST]

1.2 安装流程：下载完毕后，双击安装，可以调整安装地址，这里以D:\\NCBI\\blast-2.6.0+为例，生成bin和doc两个文件夹。

**2** **设置环境变量**

图2.1

2.1 在用户变量处新建BLASTDB，值为D:\\NCBI\\blast-2.6.0+\\db(db为自己建立的文件夹，用于存放数据库)；在系统变量中找到PATH，编辑在最后面加“;D:\\NCBI\\blast-2.6.0+\\bin”;保存。

2.2 新建一个ini配置文件，用于注册库所在目录写入：

\[NCBI\]

Data="D:\\NCBI\\blast-2.6.0+\\db\\"

保存，并放入C盘windows中。

**3** **测试**

windows+R；cmd；输入psiblast -version检查版本

图3.1

**4** **下载并建立本地数据库**

4.1  数据的获取

4.1.1  直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta,名字可以自己随便命名）。

4.1.2  从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库（其链接为[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/][ftp_ftp.ncbi.nlm.nih.gov_blast_db_FASTA]）其中nr.gz为非冗余的数据库,nt.gz为核酸数据库,month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。

4.1.3  利用新版blast自带的update\_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序。

4.2 数据的格式化、本地数据库建立

4.2.1 针对4.1.1的方法

以nr.fasta文件为例,格式化命令：

makeblastdb -in nr.fasta -dbtype prot -parse\_seqids -hash\_index -out nr

\-in:待格式化数据

\-dbtype:数据库类型，prot/nucl(氨基酸/核酸)

\-out:数据库名

\-dbtype prot -parse\_seqids -hash\_index:为了blastcmd取子序列用

4.2.2 针对4.1.2的方法

下载nr.gz文件后直接解压到db文件夹，生成12个文件，还有1个nr.pal文件，数据库建立完成。其中.pal文件的语法如图：

图 4.1

4.2.3 针对4.13的方法

利用perl语言完成：perl upadte\_blastdb.pl -show

图4.2

亲测不行，可能是我网络不行，代码正确，需要下在Active perl软件。

**5** **建立pssm****矩阵**

至此，blast+-2.6.0安装设置完毕，下面讲解如何得到PSSM矩阵。

①将待测序列放入 D:\\NCBI\\blast-2.6.0+

②进入DOS命令窗口

③代码：

psiblast -query DD\_train.fasta -db nr -num\_iterations 3 -evalue 0.001 -out A -out\_ascii\_pssm B

-query 待测序列

-db 数据库

-num\_iterations 迭代次数

-evalue 设置E值，用于筛选结果

-out 亲和性

-out\_ascii\_pssm PSSM矩阵。

图5.1

可实现批量处理，输出结果：

图 5.2

转载于:https://www.cnblogs.com/xslisagirl/p/8486242.html

[ftp_ftp.ncbi.nlm.nih.gov_blast_executables_blast_LATEST]: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
[ftp_ftp.ncbi.nlm.nih.gov_blast_db_FASTA]: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/