生信笔记-mooc【武大】

灰太狼 2021-03-28 12:48 529阅读 0赞

### .DNA拓扑学 ###

![1324606-20181010183333934-1028581002.png][]

在拓扑结构的限制下，DNA进行复制等过程。还有连环数=扭转数+缠绕数。

![1324606-20181010183842642-2083826270.png][]

### 2.拓扑异构酶 ###

DNA变性破坏了两条链之间碱基形成的氢键。和拓扑异构酶是不同的。

![1324606-20181010185111167-1958546048.png][]

### 3.RNA的组成和结构特点 ###

![1324606-20181010190216182-2069591791.png][]

RNA的生物学功能。

###  4.DNA复制叉 ###

![1324606-20181010215816409-1117034248.png][]

**复制只能由5'端到3'端（磷酸->五碳糖）**，DNA新链的起始需要一条RNA引物。本质是因为DNA聚合酶需要带有游离3'-OH的引物，而这个正好可以由引物酶现在DNA上合成一段短的RNA引物，这个引物可以提供（引物大约5-10个核苷酸）。

![1324606-20181010220105544-1206061446.png][]

那么在DNA完成复制以后，需要去掉RNA引物，涉及到：RNA酶H、5‘外切核酸酶、DNA聚合酶、DNA连接酶。

**dNTP**是:**脱氧核糖核苷酸三磷酸**，包括dATP,dGTP,dTTP,dCTP，是DNA在复制时的原料。（核苷是由嘌呤或嘧啶碱基与核糖形成的缩合物，这种缩合物的核糖上的五位羟基再与三聚磷酸成脂，就形成三磷酸核苷。比如包括：ATP三磷酸腺苷、GTP三磷酸鸟苷、CTP三磷酸胞苷和UTP三磷酸尿苷）

**dNMP**是：ATP中A代表腺嘌呤、T代表3、P代表磷酸基团，也就是三磷酸腺苷。d是脱氧、N是核苷总称（ATCG）、M代表1 、P磷酸基团，就是**脱氧核苷酸**。

以上两种都是核苷酸的几种结构之一，根据**核苷酸中磷酸基的个数**，核苷酸分子结构有一磷酸核苷(**NMP**)、二磷酸核苷(**NDP**)及三磷酸核苷(**NTP**)。

1.核苷酸是组成核酸的基本单位，有脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸，分别组成了DNA和RNA。

2.核苷+磷酸基团=核苷酸；核酸=很多核苷酸脱水缩合。

3.比如在ATP中A就是核苷，是核苷酸去掉磷酸基团后的部分。

**PCR聚合酶链式反应**：用于放大扩增特定DNA片段的技术，能将微量的DNA大幅增加。利用DNA在95°以上会变性为单链，低温碱基按互补原则配对，再将温度调至DNA聚合酶最适反应温度72°，再5'->3'方向形成互补链。

**RT-PCR逆转录PCR**：一条RNA链被逆转录为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。

**DNA脱氧核糖核酸**：由4种脱氧核苷酸组成。核苷酸由：一个含氮碱基、一个磷酸、一个脱氧核糖。如下图：

![1324606-20181010231217062-1214785566.png][]

##  5.DNA聚合酶的特化 ##

![1324606-20181011101100798-1946728123.png][]

DNA聚合酶比较容易脱落，和滑动夹结合可以阻止其从DNA上完全脱离。

###  5.1DNA在复制叉上的合成 ###

![1324606-20181011110852928-362247719.png][]

复制器和起始子蛋白，子蛋白识别复制器种的DNA原件并激活复制的蛋白。左边为简单示意图。

基因复制的起点是固定的。

真核细胞的复制**起始子**是起始位点识别复合物**ORC**——origin recognition complex。

![1324606-20181011112919137-782369565.png][]

真核生物的DNA复制必须全在S期完成，真核生物的复制起始点很多，如果有一个DNA复制起始位点未被激活，那么可能导致断裂。

2点是不管是主动开始的位点和被动开始的位点在复制后都要被失活，上图就很好地说明了这个问题。

[1324606-20181010183333934-1028581002.png]: /images/20210328/1616935727576.png
[1324606-20181010183842642-2083826270.png]: /images/20210328/1616935708575.png
[1324606-20181010185111167-1958546048.png]: /images/20210328/1616935688137.png
[1324606-20181010190216182-2069591791.png]: /images/20210328/1616935668539.png
[1324606-20181010215816409-1117034248.png]: /images/20210328/1616935649599.png
[1324606-20181010220105544-1206061446.png]: /images/20210328/1616935631620.png
[1324606-20181010231217062-1214785566.png]: /images/20210328/1616935610442.png
[1324606-20181011101100798-1946728123.png]: /images/20210328/1616935590723.png
[1324606-20181011110852928-362247719.png]: /images/20210328/1616935571983.png
[1324606-20181011112919137-782369565.png]: /images/20210328/1616935550180.png