生信笔记-mooc【武大】
.DNA拓扑学
在拓扑结构的限制下，DNA进行复制等过程。还有连环数=扭转数+缠绕数。
2.拓扑异构酶
DNA变性破坏了两条链之间碱基形成的氢键。和拓扑异构酶是不同的。
3.RNA的组成和结构特点
RNA的生物学功能。
4.DNA复制叉
复制只能由5’端到3’端（磷酸->五碳糖），DNA新链的起始需要一条RNA引物。本质是因为DNA聚合酶需要带有游离3’-OH的引物，而这个正好可以由引物酶现在DNA上合成一段短的RNA引物，这个引物可以提供（引物大约5-10个核苷酸）。
那么在DNA完成复制以后，需要去掉RNA引物，涉及到：RNA酶H、5‘外切核酸酶、DNA聚合酶、DNA连接酶。
dNTP是:脱氧核糖核苷酸三磷酸，包括dATP,dGTP,dTTP,dCTP，是DNA在复制时的原料。（核苷是由嘌呤或嘧啶碱基与核糖形成的缩合物，这种缩合物的核糖上的五位羟基再与三聚磷酸成脂，就形成三磷酸核苷。比如包括：ATP三磷酸腺苷、GTP三磷酸鸟苷、CTP三磷酸胞苷和UTP三磷酸尿苷）
dNMP是：ATP中A代表腺嘌呤、T代表3、P代表磷酸基团，也就是三磷酸腺苷。d是脱氧、N是核苷总称（ATCG）、M代表1 、P磷酸基团，就是脱氧核苷酸。
以上两种都是核苷酸的几种结构之一，根据核苷酸中磷酸基的个数，核苷酸分子结构有一磷酸核苷(NMP)、二磷酸核苷(NDP)及三磷酸核苷(NTP)。
1.核苷酸是组成核酸的基本单位，有脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸，分别组成了DNA和RNA。
2.核苷+磷酸基团=核苷酸；核酸=很多核苷酸脱水缩合。
3.比如在ATP中A就是核苷，是核苷酸去掉磷酸基团后的部分。
PCR聚合酶链式反应：用于放大扩增特定DNA片段的技术，能将微量的DNA大幅增加。利用DNA在95°以上会变性为单链，低温碱基按互补原则配对，再将温度调至DNA聚合酶最适反应温度72°，再5’->3’方向形成互补链。
RT-PCR逆转录PCR：一条RNA链被逆转录为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。
DNA脱氧核糖核酸：由4种脱氧核苷酸组成。核苷酸由：一个含氮碱基、一个磷酸、一个脱氧核糖。如下图：
5.DNA聚合酶的特化
DNA聚合酶比较容易脱落，和滑动夹结合可以阻止其从DNA上完全脱离。
5.1DNA在复制叉上的合成
复制器和起始子蛋白，子蛋白识别复制器种的DNA原件并激活复制的蛋白。左边为简单示意图。
基因复制的起点是固定的。
真核细胞的复制起始子是起始位点识别复合物ORC——origin recognition complex。
真核生物的DNA复制必须全在S期完成，真核生物的复制起始点很多，如果有一个DNA复制起始位点未被激活，那么可能导致断裂。
2点是不管是主动开始的位点和被动开始的位点在复制后都要被失活，上图就很好地说明了这个问题。
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