R中遇到的部分问题

系统管理员 2021-03-28 12:45 699阅读 0赞

在Rstdio使用的是3.5.1的64位R版本中遇到问题：The Perl script 'WriteXLS.pl' failed to run successfully.

首先使用

Sys.which("perl")

输出空串，表明未安装perl。

perl 
      ""

安装上perl之后，运行又出现了：

Error in as.vector(x) : no method for coercing this S4 class to a vector

但是代码里并没有出现as.vector（x）的这个代码部分。

尝试加上这一句：

da=as(sce,"data.frame")

还是不可以。

使用这个还是报同样的错误。

write.table( x = data.frame(sce), file = "file.csv",col.names=TRUE, row.names=TRUE, quote=FALSE )

之后尝试换成

library(readxl)
    library(writexl

write_xlsx(as.data.frame(sce), "test000.xlsx")

还是不可以，换成data.frame还是不行。

之后到http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SingleCellExperiment/inst/doc/intro.html

查看了SingleCellExperiment的这个官方文件，它可以由

se <- SummarizedExperiment(list(counts=counts))
    as(se, "SingleCellExperiment")

别的类转换而来受到启发，还是不可以，所以转去学习sc4类。

sc3_export_results_xls(sce)

这一句官方说：

This will write all results to sc3_results.xls file. The name of the file can be controlled by the filename parameter.

写到结果文件里，为啥没有找到那个文件呢？。。。

随后又对R中的Data frame数据框格式进行了学习：

Data Frame一般被翻译为数据框，感觉就像是R中的表，由行和列组成，与Matrix不同的是，每个列可以是不同的数据类型，而Matrix是必须相同的。

R中有**3种面向对象的OO系统**：S3、S4，R5.

S4对象系统比S3更加严格。

想使用library(xlxs) 包，但是安装了java之后，是32位的，安装在了C盘x86目录下，结果在加载rJava包时报错

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
     loadNamespace()里算'rJava'时.onLoad失败了，详细内容：
      调用: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...)
      错误: unable to load shared object 'E:/R-3.5.1/R-3.5.1/library/rJava/libs/x64/rJava.dll':
      LoadLibrary failure:  %1 不是有效的 Win32 应用程序。

又重新设置了一遍路径和install了rJava还是不行，报同样的错误。

尝试使用包：writexl

这个不需要Java和Excel的支持。

！！！最终终于明白了，自带的那句写入到excel真的是有那个文件的。。。。。只不过路径不是在本地。。。。。

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