Molpro 安装使用说明

小鱼儿 2022-05-16 13:56 619阅读 0赞

## 简介 ##

MOLPRO是国际上广泛使用的专业级电子结构量化计算软件，由H.-J. Werner和P. J. Knowles负责设计和维护。不同于其它的量子化学软件包，MOLPRO的重点是高精度计算，通过多参考CI，耦合簇和有关的方法，广泛处理电子相关问题。使用最近开发的直接积分局域电子相关方法，可以极大地减少随分子尺寸增加的计算量，能够对更大的分子体系进行准确的从头计算。程序的核心是MCSCF，MR-CI，和耦合簇程序，以及一系列附加功能。 主页可以申请试用版。

## 下载 ##

[官方下载地址][Link 1]

## 安装 ##

将下载到预先编译的脚本文件molpro-mpp-2015.1.20.ompi.sh上传到系统上，添加可执行权限，直接执行即可安装。

### 创建目录（如果不存在则创建，否则安装过程报错找不到） ###

mkdir -p $HOME/software/molpro/2015/bin

### 添加脚本可执行权限 ###

chmod +x molpro-mpp-2015.1.20.ompi.sh # 下载到预先编译好的脚本文件

### 执行脚本 ###

./molpro-mpp-2015.1.20.ompi.sh
    
    Enter bin directory to link Molpro (optional) []
    $HOME/software/molpro/2015/bin
    Enter installation directory for Molpro files 
    [/usr/local/molpro/molprop_2015_1_linux_x86_64_i8]
    $HOME/software/molpro/2015/molprop_2015_1_linux_x86_64_i8
    Installation of Molpro files complete
    Please give your username for accessing molpro
        # 直接回车
    Please give your password for accessing molpro
        # 直接回车
    Token download unsuccessful - please install manually

## 配置Token ##

配置Token可以在对应的lib文件夹添加.token文件，例如：

cd $HOME/software/molpro/2015/molprop_2015_1_linux_x86_64_i8/lib
    vim .token
        id=***,date=:2025/02/05,version=:2015,mpp=32767,modules=mpp,password=******

然后写入你的账户密码信息，保存即可。  
也可以声明环境变量，如：

export MOLPRO_KEY="id=***,date=:2025/02/05,version=:2015,\ mpp=32767,modules=mpp,password=******"

## 额外配置\* ##

在实际测试过程中，发现有时候会缺少lscpu命令，所以我们从登陆节点拷贝一份到bin目录：

cp /usr/bin/lscpu $HOME/software/molpro/2015/molprop_2015_1_linux_x86_64_i8/bin

## 默认提交 ##

# 默认输出文件明.out
    molpro h2o.inp 
    # 不保存已有.out文件，而是重写
    molpro -s h2o.inp
    # 指定输出文件名
    molpro -o water.output h2o.inp 
    # 设置使用内存
    molpro -m 4M h2o.inp
    # 8核并行
    molpro -n 8 h2o.inp
    # 设置临时目录，默认为/tmp/$USER;设置TMPDIR变量，或-d 参数指定
    molpro -d /scratch/$USER h2o.inp

## 使用slurm作业管理系统提交 ##

因为使用作业管理系统提交任务的时候，它会自动将-n给定的值为环境变量允许的最大值的上限，并且跨节点并行有些问题，这并不是我们想要的，所以我就写了一个脚本，如果想要，欢迎给我留言。

[Link 1]: https://www.molpro.net/download